少しだけですが色々と動かした結果、分かったところがありますので簡潔にですが報告します。
まず再インストールは効果ありませんでした。そしてライトマップのほうで何か問題があるのではと、モデルを作り直したりimportの設定等を変えたりとやって見ました結果、影ができなくなるのは修復できました。ただ、仕様なのかもしれませんが形がおかしなままなのは特に変わりません。
そしてメッシュの可動性をムーバブルにすると綺麗になるのはディレクショナルライトでも同様でした。そのため根本的な解決とは言いがたいですが、今後ディレクショナルライトを使う際はムーバブルにすることで、とりあえずは妥協することにします。協力してくださった方ありがとうございました。