RectLightのスペキュラにLightFunctionが反映されないのは仕様でしょうか

お世話になっております。
はい。こちら残念ながら現状仕様となります。

LightFunctionは、Lighting描画時ののMaskとして作用するのみとなり、実際のライティング計算に寄与しないためです。恐縮ですが、Specularまで正確に計算する場合はSource Textureの使用をご検討頂けますと幸いです。