遅い回答なので、既に解決しているかもしれませんが、ライトマップ解像度が低いと同じライトマップUVでもオーバーラップしてると出ることがありました。低いライトマップ解像度で作成したいのであれば、ライトマップUVのUVシェル（ひとつながりのUV)の間隔を広くする必要があるとおもいます。
ライトマップの解像度はLight Map Resolutionで変更できます。
StaticMeshEditorのLight Map Corrdinate Indexが1になっていればUVチャンネル1が使用されるのでカラーUVの情報が参照されることはないです。
Unityでは検出されないというのはオーバーラップの検出方法が違うからではないでしょうか（Unity使ったことないからわからないですが…）