お世話になります。
そうですね。
List of maps to include in a packaged buildに入っていなくても、PersistentレベルのLevelsの所でリファレンスされている、または入ってるアセットのどこかでリファレンスされている場合は、パッケージに含まれています。
パッケージに入っているアセットの確認したかったら、Project Settings->Packaging->Use Pak Fileをオッフにしたら、パッケージを直接確認できると思います。
よろしくお願いします！