実機でいろいろ確認してみました。
おっしゃる通りライティングシナリオを使えばサブレベルごとにライトマップを完全に分離して生成することができました。
・基本的にライティングはエディタでビルドを押したときにレベルウィンドウで可視になっているレベルに対してライトマップを生成する
・ライティングシナリオが設定されたレベルについては(自分以外のライティングシナリオレベルを除外した)すべてのサブレベルのライトマップを生成し、ロードされたときにそれを適用する。
といった感じかなと理解しました。
自分が質問に出した「ステージ１、ステージ２は全く違う場所なのでライトの設置数、配置なども変わる」というのを実現したい場合は、ステージ１、２をそれぞれライティングシナリオにして、その中に各ステージのオブジェクトを入れ込めば実現できると思います。
あとはできればスカイライトもstaticに別ビルドできるか知りたいところなので、もうちょっと回答を待ってみようと思います。MovableにしてRecaptureすれば問題を回避できそうな気もしますがモバイルのケースを考えた場合の可能性も考慮したいので。
とりあえず、Kaiさん回答ありがとうございました、大変勉強になりました！