要求を正しく把握できておらず失礼しました。
・２点の座標がそれぞれナビメッシュ上にある（指定座標の真下にナビメッシュがある）
UNavigationSystem::K2_ProjectPointToNavigationもしくは
UNavigationSystem::ProjectPointToNavigationを利用する方法はいかがでしょうか。開始地点や終了地点を入力(FVector& Point)として与えることで、投射した地点にナビメッシュ上に存在するかをboolで取得できます。
・２点間のパスが直線である（パスが指定の２点のみで構成されている）
UNavigationSystemV1::NavigationRaycastを利用する方法はいかがでしょうか。開始地点と終了地点を入力(FVector& RayStart, FVector& RayEnd)として与えることで、障害物などで遮蔽されている場合は結果としてtrue、遮蔽されていない場合はfalseが取得できるかと思います。
FindPathToLocationSynchronouslyは障害物が無い場合においてもNavmesh上のコストの割り当て方によってはPathPointが3点以上になるケースがあるため、2点で直線かどうかを判定することが出来ないということから上記をご提案させて頂きました。もしご要望のものと相違がありましたらご連絡下さい。
よろしくお願いします。