おそらくかなり昔から存在している不具合です。ジオメトリーブラシは形状を複雑に弄ると、欠けてしまったり、色々と問題が発生しやすいです。
あくまでもレベルプロトタイピング用途として利用し、最終的にはスタティックメッシュ化してしまうことをおすすめします。