お世話になっております。
そうですね、ご認識の通りサブレベルの表示切替においてはストリーミングレベルの制御によって表示/非表示の切り替えが行われるため、現状サブレベル上のActorは表示/非表示においてBeginPlay/EndPlayが実行されます。単純にレベル内に配置されたActorの表示だけを切り替える方法、これを実現するための機能は用意されておりませんので、場合は対象のレベルに所属する全てのActorに対してSetHiddenInGame(true/false) or SetVisiblity (false/true)を実行して頂くような方法となります。