同じUVのオブジェクトにまで透過処理がされていまいます。ガラスの部分はSPで描く際データを別にしないといけないのでしょうか？
MaterialのBlendModeにTranslucentを選択した時点で、透過用のシェーダーに切り替わってしまうため、1つのモデル内にガラスとそれ以外の部分が存在する場合は、それぞれMaterialを分けておく必要があります
SubstancePainterでPaintする際は特にデータを分ける必要はありません
UE4にImportするFBXを出力する際に、きちんとMaterialを分けていればOKです
解決しました。ありがとうございまいした。