再現手順
プロジェクトを開き、「test」レベルを開くと、レベル内に2つのCubeがあります。
・StaticMesh（SM_Cube）
・同StaticMeshをジオメトリコレクション化したもの（GC_Cube）
を並べて配置していますが、ジオメトリコレクションの方のみ透過していないことが確認できるかと思います。
テストのスタティックメッシュにはUE標準のCubeアセットを複製してNaniteを有効化したものを使っております。
2つのCubeの違いはジオメトリコレクション化したかどうかのみで、マテリアルやメッシュは同一です。