Takashi Suzuki様
ありがとうございます。ご指摘通りのログが出ておりましたので
該当マテリアルを再保存し、問題なくパッケージビルドでも意図したライティングがなされることを確認できました。
こちらで一旦本件は問題ないのですが1つだけご報告となります。再保存で治ったのは
問題のあるマテリアルの最も親のマテリアル(EngineData/Plugins/Interchange/gltf/MaterialInstances/MI_Default_Opaque)になり、
自動生成されるテンプレートマテリアルでした。
※ 今回はMI_Default_Opaqueアセットをコピーして再保存、そちらを該当マテリアルにアサインする形で回避しております。
以上となります、ご対応頂きありがとうございます。