※これは既に自己解決済みですが、当時解決方法を検索した所見当たらなかったので他の方への参考になればと投稿させていただきます。
構造体を作成し、任意のBP内で取得し展開(構造体内の変数群が列挙されているノード)している段階で、大元の構造体の構造を変えると、実行段階ではエラーは吐きませんが、出力しようとした場合にUnknown structureエラーを吐いて出力が失敗します。
[例文(以下2文がセットでエラー出力されていたと思います)]
[エラー文1]
UATHelper: パッケージ化 (Windows (64ビット)): LogProperty: Error: UStructProperty::Serialize Loading: Property ‘StructProperty /Game/BP/Character/Player/Player_BP.Player_BP_C:CreatePerkActor.CallFunc_GetDataTableRowFromName_OutRow2’. Unknown structure.
[エラー文2]
UATHelper: パッケージ化 (Windows (64ビット)): LogInit: Display: LogProperty: Error: UStructProperty::Serialize Loading: Property ‘StructProperty /Game/BP/Character/Player/Player_BP.Player_BP_C:CreatePerkActor.CallFunc_GetDataTableRowFromName_OutRow2’. Unknown structure.
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エラーが出ている箇所、つまり構造体を使用しているノードを右クリックし、「ノードの更新」を行えば、正常に出力することが出来ました。
実際にどこで使用していたかは検索をかけるか、使用BP内で「Ctr + A」でノード全選択して更新すれば早いと思います。