なるほど、ヘッダオンリーであれば、プラグイン作成までは必要なさそうです。
source.cppはあくまでも手動で追加したのでしょうか？UE4で追加ソースファイルを必要とする場合には、UE4エディターを起動した状態で、『新規C++ファイルを追加する』から追加するのが適した手順です。
ここからC++ファイルを追加し、空のC++クラスを作成し、仰っている追加インクルードディレクトリの設定を行えば可能なはずです。
ENABLE_ASSERTSはVSを使用した場合には自動的に有効になると書かれているので、ここでは必要なさそうです。