一応の仮対処もできているため以下、ほとんど報告になるのですが、、
VS2015 Community版は開発都合上使用できませんのでExpress版が使用できるか検証をしていました。
Community版で発生するかは未確認です。
Professional版では発生しません。
Windws7 + VS2015 Express(Update1)の環境にてUE4.10で新規プロジェクトや4.9等の既存プロジェクトをSwitchすると下記のようなエラーが出てしまいます。
Running C:/Program Files (x86)/Epic Games/4.10/Engine/Binaries/DotNET/UnrealBuildTool.exe -projectfiles -project="C:example/example.uproject" -game -rocket -progress
Discovering modules, targets and source code for game...
UnrealBuildTool Exception: ERROR: Failed to find cl.exe in the default toolchain directory C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\Common7\Tools\../../VC/bin/amd64\cl.exe. Please verify that "Common Tools for Visual C++ 2015" was selected when installing Visual Studio 2015.
VS2015 Professional版の環境とExpress版の該当ディレクトリ、"amd64"を確認した所、
Professional版ではcl.exe等、関連ファイルがいろいろ入っていますがExpress版では vcmeta.dllファイル１つしか入っていませんでした。
次にUnrealBuildToolのソースを追ってみた確認した所、
Engine/Source/Programs/UnrealBuildTool/Windows/VCEnbiroment.cs
の270行目付近、
static string GetPlatformVSToolPath(CPPTargetPlatform Platform, string BaseVSToolPath)
内にVS2012 Express向けの処理でというコメントで"amd64"があればそのパスを、なければ"x86_amd64"のパスを返しているところがありましたので、それを根拠に"amd64"ディレクトリをリネームさせてみたところ先述のエラーは出なくなりました。
また、すでに環境が無くなってしまっており確認はできないのですが"Update 1"がリリースされる前にExpress版をインストールしていた環境でUE4.10の検証をした際にはこの問題は発生していなかった為、"Update 1"のリリースによってこの問題は起こるようになった可能性はありそうです。
そちらでは別の問題（mspdbsrv.exe, mspdbcore.dll）が発生していましたが。。。
以上になります。
とりあえず時間もないので先述の通り回避しますが何かしら公式の見解か対応が聞けると幸いです。
よろしくお願いいたします。