ES3_1 というのは、平たく言えばモバイル用のシェーダーの規格です
デスクトップ用のシェーダー （SM5）とは異なるので、モバイル版ではできない機能が存在します
今回のEyeのShadingModelはそちらに該当するものですね
ですので、DefaultLit等の別のShadingModelで代用できないか検討してください
Bone数の制限に関しては、エンジンコードに手を入れる必要があります
ただし、変えた場合に期待通りに動作するかまでは保証しません
ただこのBoneの数ですが、全身のBoneではなく、SectionごとのBone数なので、設定次第で回避することは可能です
まず、SkeletalMeshの詳細情報を表示できるようにしてください
その時表示される [Section X] の部分がSectionごとの状態であり、そのBonesの値が問題のBone数です
これはそのSectionに関わっているBone数を表します
で、SectionのBone数が制限を超えている場合、 MaxBonesInfluence の制限を小さくしてRegenerateLODを実行してください
うまくBone数が下回れば表示可能になるでしょう
ただし、MaxInfluenceを下げることはSkinWeightの滑らかさ、ひいてはAnimationを流したときの見た目に影響しますので、下げて問題ないかどうかはご自身で判断してください
なお余談ですが、モバイルではMaxInfluenceの値にも制限があり、4を超えると同様にMeshが表示されなくなります
