フォルダの移動で必ずと言っていいほど移動元のフォルダが残る

おそらくですが、そのフォルダーにはリダイレクタが残っていると思われます。

リダイレクタについてはこちらを参照してみてください。

リダイレクタは普段は見えないものなのですが、フィルタをかけることで見えるようになります。

これが残っているためフォルダを削除したつもりでも残り続けている状態になります。