ルートを加算レイヤーに追加した際にルートモーションに反映する方法はありますか？

少々面倒な手順になりますが、Record機能を使って別のAnimSequenceに書き出し直して、不要なところを切り取ればRootMotionを作成できます

Recordする際はLoop再生しないように設定することをおすすめします
（Loop設定の部分をクリックすれば切り替わります）