根本的な解決ではないですが、ビルド/リビルドコマンドラインの末尾に
-log="$(SolutionDir)$(ProjectName).log"
を追加すると、ビルド時にUBTからのログファイルがプロジェクトディレクトリに作成されます。
こちらのファイルからは文字化けが発生していませんので、解消するまでの一時しのぎにはなるかと思います。
ただしプロジェクトファイルを再生成するたびに設定し直さなければなりませんが…
ちなみにVSCodeプロジェクトからのビルドでも文字化けせず、Visual Studio環境（MSBuildからのビルド）でのみ発生しているようです。