LandscapeAutoMaterialに使われてる草や岩はLandscape Grass Toolと言われるもので生成されているので衝突判定を持たせることができません。
LandscapeAutoMaterial/Meshes/Stones に設定ファイルがあるので書き換えるか、
Landscapeのマテリアルインスタンスを開いてPlanar_Foliage_Generation_Desnsityを0にすることで岩や草をなくすことができます。
無くした後にFoliageツールまたはプロシージャルフォリッジを使用して自分で配置することをおすすめします。