あれからRuntime GenerationをDynamicにし、微妙な動きをするAIを色々改良したのですが、
アタッチした武器などのコリジョンを外したところ大幅に動きが改善されました。
なぜStaticのNav Meshでは問題なく動いていたのかはわかりません…
ということでNav MeshはStaticではOpenLevelした時にリビルドされるようなものではない（Staticのライトのようなもの？）という解釈でこの質問を解決したことにさせていただきたいと思います。
ありがとうございました。