お世話になっております。
Foliageでは、FoliageType毎に空間でクラスタリングされます。しかし、その際にスケールサイズが同一のインスタンスを自動で集めたりなどといった機能は、申し訳ございませんが搭載しておりません。ですので、FoliageTypeに設定されたカリング距離によって大中小全てのインスタンスがカリングされてしまいます。
Foliageのスケール値は、物体のランダムさを出す程度の幅にして頂き、スケール感が著しく違う場合は、FoliageTypeを分けて頂ければと思います。例えば本件の対応策として、同一メッシュの大、中、小用FoliageTypeを作成し、それぞれに別々のカリング距離を設定をすることが考えられます。
よろしくお願いいたします。