FBX の方に関しては把握していないのですが、テクスチャに関しては、上書きインポート時に出るこのダイアログ (2 番目に出てくる方) で No を選ぶと、Source File のパスは修正されつつ他の設定は維持されるかと思います。
(日本語でのダイアログは以下)
FBX の方に関しては把握していないのですが、テクスチャに関しては、上書きインポート時に出るこのダイアログ (2 番目に出てくる方) で No を選ぶと、Source File のパスは修正されつつ他の設定は維持されるかと思います。
(日本語でのダイアログは以下)