プロジェクト設定の保存

初歩的な質問で申し訳ありません。
編集→プロジェクト設定でパッケージからウィンドウズまで全てに
these settings are always in the default configuration file, which is currently writable.
と表示されており set as default を適用できない状態です。

デフォルトとして設定するにはどうすればよろしいのでしょうか。

上記のメッセージが出ている場合は、わざわざ保存するまでもなく、値を変更した瞬間に保存されているようです。

丁寧な回等、どうもありがとうございます。