お世話になっております。
調査が難航しており長らくお待たせしております。
引き続き調べておりますが、一旦現時点で可能な範囲で回答させていただきます。
＞この「スポーナブルで使うキャラだけ「バジェットアロケータに自動登録」のチェックを外す」という運用で問題ないか？また、バジェットアロケータを使うこと自体に問題は無いか？
バジェットアロケータは負荷軽減のための機能ですので、不要である部分についてはオフにする運用で問題ないと思います。
また、バジェットアロケータは Production-Ready ステータスとなっていますのでこれ自体の使用にも問題はないという認識です。
プロジェクトを添付して頂きありがとうございます。
これを用いて確かにご指摘の通りの挙動となる点を確認しております。
手元で試した限りにおいては StandaloneGame/Package では問題が発生しないように見受けられますが、この点についてはいかがでしょうか。
よろしくお願いいたします。