配置したオブジェクトが消えて復元できなくなる

レベルインスタンスに配置したオブジェクトが次第に消えていく不具合に悩まされています。編集中にマップ切り替えが起きたタイミングで発生する他、エディタでのゲーム実行中にレベルインスタンスをロード&アンロードするたびにオブジェクトが消えていくことがあります。

表示されてないとか再帰動したら直るようなことはなく、この不具合が発生するとレベル上から完全にオブジェクトが消滅してしまい復元できなくなります。消滅するのは1つのオブジェクトではなく、周辺の複数のオブジェクトがまとめてなくなることが多いです。

発生条件や対応方法などが不明なのですが、何か情報お持ちの方おりましたらコメントいただけましたら幸いです。不具合が存在することを認識してもらったり、回避策などを探れたらと思っています。