SetRelativeTransformはスイープに伴うオーバーラップの判定や子コンポーネントへの座標の伝播、OnUpdateTransformの送信など様々なサイドエフェクトを伴います。
それに対してSetRelativeLocation_DirectやSetRelativeRotation_Directは、それらのサイドエフェクトの一切を除外し直接プロパティの座標をセットします。
MovieSceneTracksCustomAccessors内のSetComponentTransformでのSetRelativeLocation_Directの呼び出しはそのコードの前のコメントにあるように
// Force the location and rotation values to avoid Rot->Quat->Rot conversionsシーケンサーではオイラー角(FRotator)で管理されている値が一旦クォータニオン(FTransformの内部はFQuat)に変換されSetRelativeTransform内部で再度FRotatorに再変換されており少なからず誤差が発生します。それを回避するために再度呼び出しを行っています。
動作を変更しスイープ移動に対応する場合には確かにスイープの意味が無くなってしまうので上記の再変換を承知のうえで適用いただけるとよいかと思います。