私の知る限りで書いてみました。
＞1.これはバグなのか分からないですが、開始を教えるフレームであるのであれば、 何か文字などを入れてログ用の画像として出力できないのでしょうか。
ムービーキャプチャー（連番含む）の機能は単にレベルを普通にスタートさせ、その最初のフレームから動画(or連番)にキャプチャーする機能です。ここからは予想ですが、BeginPlayでMatineeが再生される前、レベル読み込みの最中にも録画が走っていしまっているのではないでしょうか。
Matineeのカメラになる前はPlayerControllerのカメラが使われているようなので、そこに対して何かログ出力を仕込めればやりたいことは可能かもしれません。もしくは、C++対応か。
ただ、ちょっと面倒なので、さほど困っていないようならば公式でサポートされることを期待して、手動で削除するのがいい気がします。
＞２．マテリアルが反映してからScreenShotが取れるBlueprintはどのように組んだらよいのでしょうか。
試していませんが、このフラグが怪しそうです。
コマンド版だとちょっとわかりませんでした。
＞３．GamePlayerはなぜスフィアとしてカメラに映るのでしょうか？（）
おそらくDefaultPawnにスフィアのMeshが割り当てられているためです。これは自前のPawnを使用することで解決可能だと思われます。
- 自前のGameModeを作成
- WorldSettingsのGameModeの欄に１を割り当てる
- 自前のPawnを作成
- ２の設定項目のDefaultPawnClassの欄に３を設定
GameModeを作成してオリジナルのPawnを当てはめる手順はココが参考になるかもしれません。http://unrealengine-blog.hatenablog.com/entry/2014/04/25/232153