少しお話を整理させてください。
「オブジェクト階層を維持する」はインポートオプション。
オブジェクトごとに読み込むかマテリアルごとに読み込むかなどの設定。
「固有のオブジェクトにする」はインポートしたオブジェクトのインスタンスを外す設定。
オブジェクト自体がバラバラになるわけではない。
マテリアルの適用方法：「オブジェクトに適用」はオブジェクト単位でマテリアルを割り当てる機能。
ここまでは動作的に問題ないでしょうか。
そのうえで柱だけ「オブジェクトに適用」がうまくいかない状況を画像や動画などでもう少し詳しく教えていただくことはできますでしょうか。
複数の柱がそもそも1オブジェクトにまとまっているような場合は、「固有のオブジェクトにする」にしても柱一本ごとにマテリアルを変更できないのでご注意ください。