FPhysScene_Chaos::OnSyncBodiesにはSkeletalMeshに割り当てられたPhysicsAssetなどから作られたコンストレイントの数に比例して呼び出し回数が増加します。
stat ChaosCounters
などでコンストレイントの数が確認出来ますがこの数が想定内かどうか、まずご確認ください。必要の無いリッチなPhysicsAssetがあれば省略したり削除することも検討できると思います。
他には FPhysScene_Chaos::OnSyncBodies関数内のコールバックにおいて処理されているコンストレイントが破断する時に発火するbIsBreakingや制限値を超えたときに発火するbIsViolatingなどのイベントが連続して発火している可能性もありうります。
こちらは安定状態では発火しないためデバッガでブレイクを張っていただいて確認するのが簡単だと思います。