シーケンサーでスケルタルメッシュの物理アセットPrimitivesにSimulatedが設定されている場合、アニメーションがビューポート上で再生されないい

それは仕様です。物理シミュレーションを使ってシーケンサーを再生したいのであれば"プレイ"または"シミュレート"のどちらかを実行した状態で開始する必要があります。

物理を含んだシーケンサーの調整目的であれば、ひとまずシミュレート状態で調整することをお勧めします。