NavMeshBoundsVolumeを生成した際に同時に、RecastNavMeshというアクターが生成されていると思います。 これの中に"Cell Height"というプロパティがありますが、これのサイズを上げてみると、更に高度な高さまでナビゲーションメッシュを生成する事ができました。他にも細かく調整できるようですが、実際に触ってみないとどういう機能があるかまではわかりません。