サブレベルに配置しているmeshの影はサブレベルのロード時だけ表示されてほしいのですが、
現状は、メインレベルにサブレベルを表示する前に、サブレベルに配置しているmeshの影が表示されているようです(メインレベルにmeshは何も配置していないので)
メインレベルにロードされた時だけサブレベルに配置しているmeshの影を表示させるにはどこの設定を変更すれば可能でしょうか？
メインレベルに何も配置していないのであれば、影が落ちる先の地面にあたるMeshも当然無いはずなのですが…
スクリーンショットも何も無いので予測で回答します
もしメインレベルに地面だけがあり、サブレベルに建物があるような構成だった場合
建物から 地面に落ちる 影は当然、地面側に書き込まれます
つまりメインレベル側に影がある状態になります
建物も影もサブレベル側に持ちたいのであれば、地面も当然サブレベル側になければなりません
あるいは動的ライティングにすべきでしょう
PrecomputedLightingScenariosを使用することも検討してみてください
これはLightingの情報を専用のサブレベルに集約することで、時間帯等の切り替えを容易にする仕組みですが
Meshの状況とLight（Shadow）の状況を分離する手段としてはアリでしょう
ロードすべきサブレベルが増えるのを許容するなら、ですが