多角形変換の問題かもしれないから～三角化のチェックをとりあえず付けてみるとか、 先に三角形ポリゴンに変更しとくとか。
後は両面処理のマテリアル当ててノーマルの向きを確認するのも手かも知れないけど、 三角の数は減ってるから、違うと思うけど。