＞同じスケルトンを使用しているスケルタルメッシュであれば、それぞれのスケルタルメッシュのRefSkeletonは同じものを指すかと思いますが、
＞それぞれのスケルタルメッシュのRefSkeletonの持つボーンの情報に差がございますか？
スケルトンは同じですが、RefSkeletonの内容は異なっていました。それはLeader Poseを使用しない場合でも同様でした。
＞メッシュBにおいてはこのようなグレーアウトしたボーン自体が元のメッシュに比べて少ない状態ということでしょうか？
はい。メッシュAとメッシュBではグレーアウトされているボーンが異なります。数もメッシュBが少ない状態でした。
＞もし可能であれば再現プロジェクトの形で問題のアセットをご用意いただけると大変スムーズかと思います。ご検討ください。
プロジェクトの事情で今問題が発生しているアセットでの再現プロジェクトをご用意することが出来ません。
お手数ですが御社で確認して頂いた際の「一般的なモジュラーキャラクターアセット」を教えて頂けますでしょうか？
もしそのアセットで再現できましたら、そのプロジェクトはお渡し出来るかと思います。