レベルインスタンスをオブジェクトIDでレンダリングしたい

画像のように、ボックスの入ったレベルインスタンスをパーシスタントレベルに配置します。
球体はそのままパーシスタントレベルに配置します。
その2つをレイヤーのLayer1に入れます。

MRQでオブジェクトIDの設定を Layer にして、レンダリングします。

残念ながら、レンダリングすると、レベルインスタンスはレイヤーの対象外となってしまうようです。

これを解決する方法はありますか?

カットごとに色々なマスク出しをしなければならず、
レイヤー情報をカットのレベル(パーシスタント)に属したいのですが、
ボックスのレベルをサブレベルとして読み込み、
レイヤー分けすると、そのレイヤー情報はボックスのほうに属してしまうため、
何とかならないかと試行錯誤中です。
何かよい方法がありましたら
よろしくお願いいたします。