I want to merge meshs which has same material but diffrent mesh when render thread, and keep them independent.

你想在哪个阶段做这个事情呢?游戏运行时还是编辑器阶段?

运行时直接附加B成为A的子组件共享位置旋转信息就行了啊;
编辑器阶段都还没投入使用想怎么合怎么合啊,单个模型可以拥有多个材质插槽,你在外部DCC软件里面分好材质就行。