HTML5ビルド時のメッシュのボーン/頂点制限(Mesh Limitations)は幾つでしょうか?

(自己回答)

上部メニューに「設定>描写レベルをプレビュー(スケーラビリティ)>モバイル/HTML5」とあるので、モバイルと同等と考えて良さそうですね。

こちらに設定を切り替えたら、キャラクターが透明になる状態が再現できたので、とりあえずこれで作業してみます。