Я нашёл решение, если вопрос только в одном слоте и модель сделана в Blender. При объединении элементов, тот, который нужен в слот 0 должен быть выделен дополнительно, чтобы все элементы были выделены оранжевым цветом, а нужный фрагмент желтым. После этого модель надо перезагрузить заново (не заменить, а именно удалить с движка). И после импорта всё заработает. Возможно в этом методе лежит ответ в том, как создать порядок в слотах. То есть определить порядок и объединять части модели с учетом, что выделенная связь будет в предыдущем слоте.