> その場合でもクライアントの接続時に、専用サーバー側で「LogNet: PreLogin failure: incompatible_unique_net_id」というエラーが発生し、接続を行うことが出来ない状態です。
サーバーで動作しているゲームモードがデフォルトのPreLogin関数でクライアントのFUniqueNetIdReplを判定してエラーになっています。
デフォルトのPreLoginは同じOSSを用いていることが前提となっているので、様々なクライアントプラットフォームを受け付けるサーバーではPreLoginをオーバーライドし受け取ったIDやオプションなどから独自にログインの可否を判定する実装を追加する必要があります。
> <プロジェクトディレクトリ>/Config/DedicatedServerEngine.iniと配置すれば、専用サーバー用のコンフィグとしてオーバーライドされ動作するという理解で良いのでしょうか？
はい。その通りです。