タイトルの通り、Opacityを使用した２つの全く同じパラメーターを持つMaterialを用意した時、CustomDepth、CustomStencilに描画されるマテリアルとされないマテリアルが発生します。
半透明マテリアルをCustomDepth/Stencilに描画するには
・プロジェクト設定のDepthの設定を変える
・描画したいメッシュのRenderCustomDepthにチェックをつける
・マテリアル内のパラメーターのAllowCustomDepthWritesにチェックをつける
が必要だと認識しています。
1.CustomDepth/Stencilに描画される方のマテリアル設定
追記：画像が重複していたためリプランに正しい画像をぶら下げてあります
2.CustomDepth/Stencilに描画されない方のマテリアル設定
3.スタティックメッシュのレンダリング設定
※描画状態はこのスタティックメッシュのマテリアルのみを入れ替えて撮影しています
描画される方のマテリアルは以前描画されずに放置していたものを確認しに行ったところいつの間にか描画されるようになっていたため要因は不明です。（もちろん描画されない方の設定に合わせる前の状態のマテリアルでも描画されます）
一見全く同じパラメータに見えるのですが、もしほかに設定項目がある、あってない見逃しがあるようでしたらご教授いただけますと幸いです
環境
UE5.2
Windows11