自分のやり方だとAutoCheckoutなどつけずに（もしくは-noP4など）SCMなしで実行させて、最終的にサブミットの必要なファイルを自前でreconcileしてチェックアウトとチェックインするやり方をいつもしています。
ジョブはローカルで稼働するのでジョブ自体のエラーのみに集中できますし、サブミット前のチェックアウト失敗などにも臨機応変に対応（ロックしている人にメンション通知など）できるのでサブミットは自前でやったほうが取り回ししやすいと思います。
スクリプトひとつ書けば色々なジョブで使いまわせるので結構便利です。
注意点として、ジョブでチェックアウトしない場合は書き込まれるファイルの読み取り専用を外す必要があるので、WSの設定にallwrite（書き込み可能状態で更新）、clobber（ローカルが新しい時も上書き）の2つの設定をしておく必要があります。
p4 submitはフィルリストが空のCLをサブミットするとexit 1になるのでそちらも対応が必要です。
チェックアウトの失敗は誰かにロックされていて失敗する場合と、ジョブ実行中にファイルが更新されてチェックアウトに失敗する2通りになるので、そちらも何かしら対応が必要です。