我在移动资源后删除了那个文件夹 但是重新开启后又出现了 是bug么?

在引擎中(4.13)整理资源时 把文件夹里的资源移动出来 然后删除了这个文件夹 但是在下一次启动时 这个被删除的文件夹又出来了。是我的操作有问题么?

是的,因为文件夹的引用还在。你可以尝试在硬盘的项目中将文件夹删去。