私の環境での結果にはなりますが、インポートデータをコンテナで整理した後、再インポートをすると整理前に戻ってしまいました。
ですので、残念ながら仕分けは元に戻ってしまうかと思います。。
添付の項目ですが、こちらはコンテナ分けとは関係なく、文字通りインポート時にマテリアルを元に戻したり、プロパティーを変更前に戻したりする場合に使用するものになります。
やはり、初めのインポート時にしっかり仕分けされるように元データを調整するのが一番効率がよいような気がします。
もしくは、一括でインポートするのではなく、小分けにインポートをしたりするのはいかがでしょうか？