ゲーム開始時に一旦aiを停止したい

BeginPlayの順番は基本的に保証されません
ですので、LevelのBeginPlayが実行されるタイミングで、AICharacterのロードや初期化、AIControllerのPossessが完了していない可能性があります
なので他のActorへの依存関係を持つ場合は、実行される順番を明確にする必要があります(目的のActorの初期化が終わったタイミングでそちらから呼び出すなど)

なお、Editorでうまく実行されるのは、Editorはイテレーションの効率化のため、ある程度ロードした状態で開始されるためです
PIEとパッケージではロードやGC周りの動作が違うため、それらの違いがあっても問題ない作りにする必要があるでしょう