レベルにおいたSoundCueの再生を停止したいということであってますでしょうか？
実際StartarContentsのSoundCueをLevelにおいて、AudioComponentのStopを実行してみましたが停止しました。
まず
・StopがちゃんとAudioComponentを対象に実行されているか
・他にSoundCueが置かれていないか
・Stop後にAudioComponentのIsPlayingを実行するとどのような値が帰ってくるか
などから確認されてはいかがでしょうか？
