问题在早上的时候已得到解决，
方法是：打开Reference Viewer：
展开树（这里的数字应该是依照你项目的大小而取的）：
然后将有None的文件一一找到，并将文件重新导入进去。若没有相应的文件夹要重新建一个名字和Reference Viewer中一样名字的文件夹。若是这个文件没有再被你使用，把文件导入以后再删除。
完成以后对根文件Fix Up Redirections in Folder：
然后找到你的项目路径，把Intermediate这个文件夹删掉。
最后重新打包。
下午的时候我在反复试验，因为上面的解决方法是把文件重新导入，导致很多文件重复。于是我想着能不能重新保持项目文件的整洁，很遗憾。当把文件直接移动到旧关系的文件夹中而不是重新导入的话有时候Unreal能自动帮你理清新的关系，有时候则不能。也许这是个Bug吧。
看来也只能是保持这样了。
不管怎么样问题得到解决，希望能对以后有类似问题的朋友有帮助。同时也吸取经验，尽量不要在Explorer中操作文件:o