私のローカルの環境で同様の手順を踏んでも再現はしませんでした。
プロジェクトディレクトリの、"Intermediate"フォルダを削除して再度試してみると良いかも知れません。
コールスタック的には、FSubsystemCollectionBase::AddAndInitializeSubsystemで止まっています。
SubsystemClassがUSubsystem派生のクラスでは無い？のが原因ですので
SubsystemClassをデバッガーで確認してみて下さい。
UClass::SuperStructを辿って、USubsystemのクラスが含まれている場合はエンジン側の不具合の可能性があるかと思われます。
Engine\Source\Runtime\Engine\Private\Subsystems\SubsystemCollection.cpp
USubsystem* FSubsystemCollectionBase::AddAndInitializeSubsystem(UClass* SubsystemClass)
{
TGuardValue<bool> PopulatingGuard(bPopulating, true);
if (!SubsystemMap.Contains(SubsystemClass))
{
// Only add instances for non abstract Subsystems
if (SubsystemClass && !SubsystemClass->HasAllClassFlags(CLASS_Abstract))
{
// 省略
// ここでアサートに止まっている
// SubsystemClassがUSubsystemからの派生クラスでは無い場合にアサートで止まるようです
const USubsystem* CDO = SubsystemClass->GetDefaultObject<USubsystem>();
if (CDO->ShouldCreateSubsystem(Outer))