mishimatsuさん、ご指摘ありがとうございます！
はい、確かに歪んでいました…。キューブマップのテクスチャ座標を算出する際に、天球用のメッシュの法線を使っていたのですが
このメッシュは/Engine/EditorMeshes/EditorSkySphere.EditorSkySphereを使っていまして、使われているポリゴンも荒く法線もそれほど良いものではありませんでした。
天球のピクセルのローカル座標をテクスチャ座標とするように変更しました。
上記リンク先のファイルを更新しましたので再取得をお願いします～。
（zipファイルごと更新していますが、変更はマテリアルM_SkySphereのみとなっています）
こちらで試した感じでは、上記画像でも歪みは見られなくなっていました。
ぜひ皆様ご活用ください。