＞・レベルAでTransformを含むセーブ→レベルBをロード→レベルBでTransformを含まないセーブを行う→レベルAをロード→覚えの無い場所で復活
「GameData」と「SaveGameOnBattlsLevel」が同一スロット名（“1”）でセーブされているため、“レベルBでTransformを含まないセーブを行う"によって"レベルAでTransformを含むセーブ"が上書きされているように見えます。
一度セーブデータを削除、「GameData」と「SaveGameOnBattlsLevel」を別のスロット名指定(GameDataを"1”、SaveGameOnBattlsLevelを"2"など)に変更してから、同様の操作を行い、「見覚えのない場所」に復活するかどうかを確認してみてください。
もしくは、「GameData」にセーブするデータを全て変数として用意しておき、レベルAとレベルBのそれぞれでセーブしたい値のみを設定するように変更することで対応できるかと思います。
宜しくお願いします。