ここを参考にWorldPartitionをセットアップしてみましたが、たしかにRuntimeでSpawnしたActorはCell内にあってもWorldPatationに管理されないようですね。
知識が無いので完全に推測ですが、結局そういう仕様なのかもしれません。
ユーザーが任意にSpawnしたActorはWorldPatationシステム側で勝手に削除、再作成（動的にSpawnするものは必要な初期化処理が推測できないので）しないのは納得はできます。
CellのLoad/Unloadをランタイムで検知できれば良いですが、自分がパッと見した感じでは見つかりませんでした（ちゃんと探したらあるかも）
あとはこのレベルインスタンスというのを使ってみると、通常のやりかたでLevelに所属してやれば自動でアンロードされるかもしれません（未検証です）